Nhóm tác giả đề án MG 189337 cho biết: rừng nguyên sinh giàu, rừng ngập mặn là những rừng có giá trị bảo tồn cao nhất, tiếp đến là những rừng nguyên sinh trung bình và rừng tre. Tổng diện tích các loại rừng này khoảng 850 ha, phần rừng này cần được bảo tồn nghiêm ngặt, thậm chí không cho khách tham quan vào, trừ các nhà nghiên cứu. Còn đại đa số rừng trên đảo là loại rừng nghèo hoặc rừng mới phục hồi (khoảng trên 3.000ha).
Đây là những khu rừng cũng có giá trị bảo tồn nhưng có thể sử dụng phần nào vào những mục đích khai thác du lịch. Điều cần thiết khi đưa phần rừng này vào làm du lịch là các nhà quản lý phải đề ra những phương án hợp lý để vừa khai thác, vừa bảo vệ và tái tạo rừng. Việc đưa một phần những khu rừng này làm điểm tham quan, xây dựng mô hình du lịch sinh thái sẽ mang lại kinh phí đồng thời góp phần giáo dục ý thức bảo vệ cảnh quan thiên nhiên cho du khách, nhất là những du khách trẻ, còn lại hầu hết những vùng thung lũng ở Côn Đảo đã bị khai thác cạn kiệt, ít có giá trị bảo tồn, hệ thực vật nghèo nhưng cũng có thể là nơi để nghiên cứu về sinh thái đặc biệt. Từ những nghiên cứu trên, nhóm tác giả đã đưa ra những nhận xét và đề xuất cho tương lai của Vườn QGCĐ, đặc biệt là việc khai thác thế mạnh để phục vụ du lịch và nghiên cứu khoa học. Theo đó, nhìn chung Vườn QGCĐ có giá trị về bảo tồn, nghiên cứu sinh thái, thực vật học. Tuy nhiên nếu nhìn trên giá trị tham quan, du lịch chỉ đứng ở mức độ trung bình nếu so với hơn 200 vườn quốc gia và khu bảo tồn thiên nhiên trên địa bàn cả nước. Rừng ở Côn Đảo ít cây to và thiếu hẳn tầng A1; tầng A2 có nhưng không nhiều, chỉ xuất hiện ở một số điểm rừng giàu trên đỉnh núi cao. Số loài thực vật tuy nhiều nhưng lượng cá thể tập trung vào một số loài ưu thế như: trường thị, bàng, bằng lăng, gioi… là những loài cây không thu hút sự quan tâm của du khách phổ thông mà chỉ có giá trị với du khách là các nhà khoa học, nhà nghiên cứu. Để có thể làm du lịch sinh thái, rất cần có sự lựa chọn điểm mô hình, tuyến tham quan và đặc biệt là phần thuyết minh, trình bày của hướng dẫn viên phải rất công phu. Vì vậy, cần có sự đan xen một phần rừng nghèo, rừng phục hồi với các resort du lịch để biến tài nguyên rừng của Vườn QGCĐ trở thành tài nguyên du lịch cận kề mà không hề ảnh hưởng đến vùng lõi. Cụ thể hơn, đề án đề xuất 2 tour du lịch sinh thái. Tour thứ nhất là: Tour tìm hiểu thế giới thực vật để du khách hiểu về hệ thống thực vật đa dạng ở khu bảo tồn thiên nhiên Côn Đảo. Du khách có thể tìm hiểu riêng từng loài theo chủ đề như: cây quý hiếm, cây thuốc… Tour này chủ yếu dành cho các nhà khoa học, nhà nghiên cứu. Bên cạnh đó, cũng nên hình thành Tour quan sát động vật để hút khách du lịch như nhiều khu bảo tồn thiên nhiên trên thế giới đã làm. Động vật ở Vườn QGCĐ khá đa dạng nhất là động vật biển. Tuy nhiên lượng cá thể động vật không nhiều, vì vậy việc khai thác tour này cần tránh làm ảnh hưởng đến sinh hoạt của các loài thú nơi đây. Cần có hệ thống bẫy ảnh, chòi quan sát, theo dõi động vật qua sóng radio, qua tia hồng ngoại ban đêm… để vừa hấp dẫn du khách vừa bảo vệ được muông thú. Nếu làm tốt mô hình du lịch kiểu này, trong tương lai Côn Đảo sẽ là điểm du lịch hấp dẫn và có giá trị bảo tồn, giá trị du lịch hàng đầu nước ta.