Vùng biển Côn Đảo được đưa vào danh sách “các vùng được ưu tiên bảo vệ cao nhất” trong hệ thống các vùng bảo vệ biển của ngân hàng thế giới. Theo Viện Hải Dương Học Nha Trang và Hải Phòng thì vùng biển Côn Đảo có sự giàu có về mật độ và phong phú về loài sinh vật bậc nhất Việt Nam, nhiều rạn san hô còn mang tính nguyên thủy cao, các cuộc khảo sát về sinh vật biển gần đây các chuyên gia hàng đầu thế giới về chuyên ngành luôn tìm ra các loài sinh vật mới cho thế giới và Việt Nam. Các kết quả nghiên cứu trước đây chỉ ra sự đa dạng loài khá cao của vùng biển Côn Đảo, đã ghi nhận 1.725 loài sinh vật biển với 46 loài thực vật ngập mặn, 133 loài rong biển, 11 loài cỏ biển, 226 loài thực vật phù du, 143 loài động vật phù du, 360 loài san hô, 130 loài giun nhiều tơ, 116 loài giáp xác, 187 thân mềm, 115 loài da gai, 205 loài cá rạn san hô, 9 loài bò sát biển, 37 loài chim biển và 7 loài thú biển. Hệ sinh thái biển Côn Đảo là nơi cư trú của 7 loài rất nguy cấp, 67 loài nguy cấp và sẽ nguy cấp (theo Sách Đỏ Việt Nam, 2007) và trên 300 loài san hô cứng thuộc danh mục CITES. Các loài rất nguy cấp (CR) là: Ốc Đụng cái Tectusniloticus, Ốc Tù và và Charonia tritonis, Ốc Sứ mắt trĩ Cypraea argus, Ốc Anh vũ Nautilus pompilius,Cá Bống bớp Bostrichthys sinensis, Bò biển Dugong dugon. Biển Côn Đảo có 3 hệ sinh thái chính: hệ sinh thái rừng ngập mặn, hệ sinh thái cỏ biển, hệ sinh thái các sạn san hô.
+ Hệ sinh thái cỏ biển: Qua khảo sát nghiên cứu vùng biển Côn Đảo có 11 loài cỏ biển chiếm 84,61 % tổng số loài hiện nay đã biết ở Việt Nam (13 loài), nhiều hơn của Singapo 04 loài và nhiều hơn Brunei 06 loài. Sự tồn tại và phát triển của hệ sinh thái cỏ biển có vài trò quan trọng là nguồn thức ăn chính của Dugong dugon một lòai thú quý hiếm ở biển. Ở vùng biển Côn Ðảo có 8 - 12 cá thể Dugong dugon, đây là loài thú biển ăn thực vật lớn nhất còn tồn tại và được thế giới đặc biệt quan tâm, hiện nay chỉ còn thấy ở Côn Đảo và Phú Quốc. + Hệ sinh thái rừng ngặp mặn: Số loài thực vật ngập mặn ở Côn Đảo đã được xác định là 46 loài, các loài chiếm ưu thế là Đước Đôi (Rhizophora apiculata),Vẹt dù (Bruguiera gymnorrhiza), Đước xanh (Rhizophora mucronata). Ngoài ra vùng biển Côn Đảo còn có bò sát và thú biển:
|